日本。
东京市。
平静的夏日。
明媚而火辣的骄阳。
焦躁的蝉鸣，死亡一般寂静的都市。
红色的海洋，翻滚着白色的浪花，惊起的鸥鸟。
绿色的坦克集团，在沿海公路上展开了战列线，凝视着蓝色的天际。
远方，海面上喷发的高高水柱里，浮现的不是游弋鲸鱼，而是比鲸鱼更巨大的怪物。
破碎并被洞穿的楼群，被投掷到街道上的战舰，挂在树顶上的汽车，断裂的铁道和扭曲的大地。
被血水漫卷的山岗上，白勾勒的“大”字型，诉说着刚刚结束的战斗，以及被打倒而不得不紧急回收的人形决战兵器。
但是这些，都与这个少年无关。
他现在只是皱着眉，听着话筒。
红棕色的非常用公众电话里，传来毫无生气的回响。
“嘟——现在，由于特别非常事态宣言正在发布，所有回线都无法接通……啪”
远方的风中，传来诡异的呼啸和莫名的闷响。
但是。因为太过遥远，而无法听清。
“也不行吗？手机不在服务区，公车电车全部停运……”黑色短发的纤瘦少年，抬起带着几分秀气的脸庞，提起手提包，写着电话的美女照片，叹息道：“看来没法碰头了，没办法，先去避难所吧，第三新东京……比想象中混乱很多啊。”
抬眼四顾，恍惚之间，在被太阳晒得热气蒸腾，几乎出现海市蜃楼的街道上，似乎站着一个似曾相识的白发少女。
当他想要细看的时候，却发现空荡的街道上，杳然无人。
忽然。
“嗡嗡……呼呼呼……轰隆隆隆隆隆————————”
远方隐约的闷响，忽然急速靠近，化作了震耳欲聋的巨大雷音，几乎令少年瞬间耳聋。随之而来的暴风气流，将街道两侧的铝合金门窗震得“哗啦啦”乱响，横挂在街道上空的电缆，也发出了只有在冬季北风呼啸之时才出现的“搜搜”风响。
数以百计的悬浮战斗机，仿佛被什么东西逼着一样，从远处山梁后面倒退而出。
接着，在一声声“咚咚”的巨大脚步声中，那逼退了战机群的源头，一个几乎有七八十米高，胸口长着一颗巨大红球的青绿色怪异“巨人”……或者是其他什么类似人形的东西，缓缓走了出来。
……呃，这么古怪的东西，我应该吃惊吗？但是偏偏没有任何惊讶的情绪，仿佛事情就应该这样发生，这场面陌生而又熟悉，又是既视感吗……
古怪的情绪，从少年心底浮现。
那是从小到大发生过好几次，仿佛能预知事件的感觉，当然，只是仿佛而已，实际都是在事件发生之后才恍然觉悟，最终，他什么都改变不了。
……妈妈消失的时候……
……父亲将自己丢下的时候……
……几天前收到父亲信件的时候……
……还有刚刚那个白发女孩的幻影出现的时候……
……以前只是很少的几次，但是自从自己踏上来到第三新东京市的旅途之后，这种感觉越来越频繁了……
在他想着的时候，战况没有停止发展。
呼啸而来的巡航导弹，丝毫不能伤害绿色巨人一星半点，而巨人的反击，则轻易击落了战机。
一架战机坠落在少年面前，然后绿色巨人头顶冒出白色的光圈，令它整个悬浮着追了过来，然后，一脚将飞机踩爆。
火光、气浪和爆炸碎片扑面而来，但是少年却没有任何躲避的动作，因为那种熟悉的既视感正在他心头回荡，令他觉得“一定会有什么在最后关头挡在自己面前”。
……这是一个实验，看一直以来的感觉，究竟是我的妄想，还是真的有什么……
就在火光即将吞没他的前一刻，一辆淡蓝色的雷诺跑车，如同神兵天降一样，“嘎吱”一声停在了他的面前，挡住了火光和爆炸的余波。
“抱歉，让你久等了……”一个紫色长发，带着墨镜，穿着性感超短裙的大美女，推开车门说道。
……果然，感觉是正确的……
跑车载着少年和美女，在巨人的脚下灵活穿梭，飞速逃离，而空中的军机和飞弹也在以饱和的攻势围殴巨人，然而，这种连航母都能瞬间摧毁的攻击，对于绿色巨人而言却连一丝伤痕都无法留下。
逃出几公里之后，长发美女果断在一条沿河公路停下了车，掏出军用电子望远镜，近距离观测那个绿色的巨人。
“这就是它们的绝对领域吗？果然能完全无视现代兵器……”
由于方向问题，飞机和绿色巨人的战场，处在车子的左侧，正是少年坐的位置，所以紫发美女毫不客气地将他的头按下，将头探出车窗观察，一点也不介意自己的半边饱满的胸脯压在了少年的额头上。
不过这种优待没过两分钟就结束了，空中的战机群忽然大规模撤退，而绿色巨人则仿佛被什么吸引一样，缓缓消失在了河对岸的山梁后面。
紫发美女忽然想起了什么，惊呼道：“等等，难道要用n2地雷吗？卧倒！”
说着，一把将少年压倒在身下。
同时，河对岸山梁的另一边，也骤然爆发出了比太阳更耀眼千万倍的光亮。
“轰轰轰轰轰轰轰————————————”
一个直径数百米的巨大光球缓缓膨胀开来，化作数千米高的火柱，然后，黑色的蘑菇云和三圈白色的烟雾之环扩张开来，比雷鸣更响亮百倍的声音也随之响彻千里，恐怖的热风冲击波越过山岭，跨过河流，席卷了方圆数十公里的大地，少年乘坐的雷诺跑车就像纸糊的玩具一样，一下就被冲击波卷飞，打着滚从公路上翻了出去，如果有人站在外面的话，这一下就已经支离破碎了。
这一记n2地雷，分量十足，威力几乎能比拟千万吨以上当量级的氢弹，只是没有核辐射罢了。
等到冲击波过去，少年和紫发美女才狼狈地从倒翻的车里爬出，发现此地已经距离公路将近一百米了，如果不是一路都是平坦的沙地，加上车子的保护措施过硬，两人大概逃不过一个重伤的结局。
……这个女人，应该说胆大包天，还是不知死活呢……
少男心里将紫发美女划入“必须远离”的危险人群名单，却依然和女子合力，将侧翻的车子推正。
“谢谢啦，多亏你帮忙了。”
“不，我才要感谢你掩护我，葛城小姐。”
“叫我美里就好了，以后请多关照，碇真嗣君。”
然后，少年……碇真嗣，看着紫发美女葛城美里熟练地从后车厢里拿出胶带，把坑坑洼洼且几乎支离破碎的车子外壳粘回去，然后“哗啦哗啦”地再次上路。
“真嗣，这一路上，你什么都没有问呢。”
“您指的是什么，美里小姐？”
葛城美里一面开车一面问道：“比如……刚才那东西是什么，发生了什么之类的，不好奇吗？”
少年思考了一下，随即摇头道：“嗯……虽然好奇，但是不想知道。”
葛城美里奇怪地问道：“为什么？”
“直觉吧，似乎知道了之后，就会面对非常糟糕的事情。”碇真嗣将目光投向车外，如此回答道。
这并非谎言或者敷衍，上一次有这种感觉是数年前。那时候，他在一座桥下捡到一辆别人丢弃的自行车，因为当时自己真的想要一辆车，所以没有遵循直觉的警告，最后的结果，是被巡警当成偷车的小孩抓去问话，又被抚养自己的亲戚叨念了几个月。（漫画版情节）
不过很明显，这样的理由不可能被正常人所接受，葛城美里就直接将这回答当成了自闭儿童的推辞，笑着说道：“你想多啦，没有那种事情的。那个呢，是被称为使徒的迷一样的生命体……”
情报夹杂在闲聊之中，虽然没什么效率，但是也稍微给少年碇真嗣揭示了这突如其来的怪异事件的部分内幕。
半个多小时之后，残破的跑车驶入了第三新东京的市区，随即在一处隧道里，开启了秘密通道，进入了一般平民绝对无法涉足的地下机密区域。
仿佛一步就从平凡世界跨入了科幻世界，当巨大的金属闸门落下的时候，少年觉得自己似乎是进入了某个跨恒星系的巨大宇宙飞船之中。整个地下通道都是金属建造的全自动电子控制模块，到处都是闸门和电子锁，不知隐藏了多少蜘蛛网般的复杂结构，脚下的地面也是自动传送带和电梯结合的产物，上下左右全在系统的操纵之下。
当然，这些加起来，也比不上他们一路下降之后，穿出隧道时候看到的景象来得震撼。
“哦……真的是地下都市啊……”
淡金色的光辉里，一座深埋地下，却广达上百平方公里，遍布着植被、水系和超现代建筑的半球形都市，展现在了少年面前。
“这就是我们的秘密基地，nerv的总部，重建世界的关键，人类的要塞。”葛城美里带着自豪的声音，是这样介绍这座城市的。
地下城市虽然广阔，不过表面建筑并不多，最特殊的就是位于空间正中那个如同金字塔般的金属简直，以及其紧靠着的倒立金字塔形的大水池。
无数蜘蛛网一样的通道从上方的天顶周围蔓延下来，最后汇总成几条干路，通入这座金字塔里。
当然，这只是表面而已，包括了广袤森林和河流的半球形空间，不过是这个巨大建筑体系的休闲花园而已，在这个地下空间的下方，隐藏着数倍于此空间的建筑群落，那才是用来作战的要塞。
大约二十分钟之后，葛城美里和碇真嗣才七拐八拐地深入到了基地的内部，并被一位自称叫做赤木律子的金发女学者指引，一路坐着气垫船来到了一座上百米高，几平方公里大，充满了深不见底的红色水域的仓库里。
之后，赤木律子和葛城美里带着碇真嗣，穿过这个仓库尽头的自动门，进入了另一个黑暗的空旷舱室。
黑暗中，赤木律子的声音传来：“碇真嗣君，有些东西希望让你看一下。”
随即，灯光亮起。
少年抬头看去，映入眼帘的，是一个狰狞的巨大金属头颅。
这个带着独角和外露牙齿的紫色头颅，足有三四层楼高，虽然明显是金属构造的，看上去却丝毫没有“机器人”的感觉，反而让人觉得是什么远古猛兽的铁面具一样，即使寂静地摆在那里，也给人一种恐怖的压迫感。
“人造的究极泛用人形决战兵器，人造人类——evangelin——之初号机，我们人类最后的王牌。”赤木律子用几乎没有情感的声音介绍道。
“这也是我父亲的工作？”碇真嗣问道。
“是的……”答案不是来自金发或者紫发的女子，而是来自巨人头颅的上方，少年顺着声音再次将头抬高，才看见那个居高临下俯视着自己的中年男子，那人拥有着和少年近似的五官，不过更加阴郁，好在连腮的胡子为他增添了几分威严。他带着意味深长的表情，对着少年说道：“好久不见。”
“父亲……”少年低声突出了这个名词。
站在那里的，正是他三年未见的父亲——碇原堂。
三年的分别之后，这位父亲给儿子的第二句话，是……
“出击！”
然后，在身边两位女性的三言两语之间，碇真嗣才真正明白了父亲的意思。
“要我驾驶这个巨大的东西，去和外面的那个巨人作战？”
之前看到n2地雷那场超级爆炸之后，少年完全没想过会有什么东西可以在那样的攻击下幸存，即使是那恐怖的绿色巨人也一样。然而不久之后，他却在旁听葛城美里的电话的时候，得知那被命名为第四使徒的绿色巨人，在爆炸中仅仅被灼伤了表皮，本体毫无损失。（tv版里的第三使徒水天使，在剧场版里降格为第四使徒，因为原本的第八使徒胎天使被提前挖掘出来，顶替了第三使徒的位置，成为了冥河天使。）
……这是何等强大的怪物……
一瞬间，由于脱离了真实感，少年陷入了失语的境地。
……让我出击？太荒谬了……
……和那种怪物作战？这算什么命令……
……迎战怪物，那是军人的事情……
……这东西没有专业驾驶员吗？为什么会找我这种中学一年生……
……半分钟以前才告诉我什么evngelin（而且我还完全没有听懂），然后就要我出战……
……太