别是在本来亲近后金的内喀尔喀与后金通婚、盟誓之后，蒙古的分裂已经浮于表面。
面对国内的混乱，林丹汗不得不先集中力量先内后外。
由此产生的后果是，没有余力去为明朝协防，而明朝也无余力去帮助林丹汗整肃内部。
联盟渐渐如同虚设。
直到察哈尔部在天启七年背叛林丹汗，归附后金并与皇太极订立盟誓之时，林丹汗已经无法控制局势，被迫离开河套，踏上西迁之路，这样一来，明与蒙古的同盟就没有了实际意义。
同盟虽然没有了意义，可明对蒙古的每年“赏赐”却必不可少。
崇祯帝即位后，想“尽革其赏”，林丹汗派去索赏的大臣贵英恰也被明军所杀。
林丹汗于次年六月大举入侵大同，杀死明朝军民数万人，差点攻占大同城。
明不得不重新恢复“赏赐”，至此，这盟友就已经反目成仇了。
内有叛乱，外有后金强敌，再与明交恶，林丹汗其实已经自掘了坟墓。
四年后，皇太极看准这个机会，决定发动对林丹汗的决战，彻底征服漠南蒙古。
连续四年大战，林丹汗亡命青海，逃难过程中部众大量流失，最后染天花死于青海大草滩。
林丹汗死后，他的势力再次分裂。
最大的部分，自然是他的儿子额哲，但额哲与他爹不一样，额哲选择了投降，向皇太极献出了传国玉玺（明灭元后，一直没有得到这方玉玺），被皇太极封为亲王，蒙古由此灭亡，成了满清的附庸。
此时叛乱的苏尼特部落，在额哲投降后四年，才降得清，清廷妻腾机思以郡主，授和硕额驸，次年改封扎萨克多罗郡王，诏世袭罔替，并给了左右两旗的编制，这就是蒙人在旗的起源。
本来这样处置腾机思也是接受的。
可问题是，皇太极死得太早，他一死，小皇帝福临继位，朝政全落入了多尔衮手里。
而多尔衮与腾机思有旧仇，随即对腾机思采取强力压制。
于是，腾机思选择了反叛，他率部北投喀尔喀部，与土谢图汗、车臣汗合兵数万，并掠夺蒙古巴林等诸部人畜，声势之大，足以掀翻整个漠北。
清廷闻讯后，遂派阿济格（多尔衮的胞兄）为帅，赶往漠北平乱。
三个月下来，确实遏制了叛乱的继续扩散，但由于与南面义兴朝的连番兵事，派往镇压叛乱的军力不足，二万大军还不足以彻底荡平叛乱，此时腾机思手中的叛军，尚有三、四万之众。
加上时已入冬，不宜战事，只能选择包围，待来年开春再说。
但这又带来了另外一个问题，二万大军需要也漠北驻囤四个月之久，加上来年一开春就要开战，这需要耗费至少百万两的银子和大量的粮食、布匹等等。
还有福临要建火枪新军，又是一笔额外的支出，据在京的太常寺少卿汤若望估算，组建六千火枪兵至少得耗费百万两银子，因为当时在欧洲，燧发枪的造价折合白银就是近三十两，运来亚洲怎么也得六十两了，而弹丸则需要百两千发（一发包含弹头和火药，油纸包装），若再添置火炮，恐怕得超过百万之数。